La vegetación es fundamental en la formación y funcionamiento de los ecosistemas en general, en los humedales define las cadenas tróficas, y son el hábitat de gran parte de la fauna.

El Humedal de Batuco presenta un gran número de especies, existen ambientes bien definidos, como es el zona de totorales, el sector del borde de la laguna, como las áreas exterior inundable y no inundable con un sector semejante a la sabana con arbustos espinosos como el Espino además de Algarrobos .

También hay presencia en las cercanías especies introducidas, estás deberían ser controladas y fiscalizadas en altura para no alterar el ecosistema.